Таким образом, автору известны два взгляда на покаяние — более строгий и более умеренный. Ерма хочет занять в этом вопросе середину. Он находит провозглашение единственного покаяния в данный момент опасным для спасения своего и ближних; поэтому, не отрицая более строгого взгляда принципиально, он откладывает приложение его на некоторое время: покаяние одно и именно только в крещении, но так будет только тогда, когда закончится постройка башни; теперь же, когда, по милосердию Божию, эта постройка временно приостановлена, люди могут еще каяться: «Для того и сделана остановка в строении, чтобы они покаялись и вошли в здание башни» (Simil. IX, 14.2). Но время покаяния ограничено: «Покаяние праведных имеет конец, и определены дни покаяния для всех святых» (Vis. II, 2.5).

В чем состоит покаяние? Ерма не распространяется по этому вопросу. Сущность покаяния — в истинном изменении настроения, цешина, в сердечном раскаянии в злых делах и искреннем намерении творить добро, в последовании заповедям Христа, словом, во втором обращении (Mand. IV, 2.2; XII, 6.2). При этом Ерма ясно указывает на существование в его время известного рода покаянной дисциплины. «Думаешь ли ты, что тотчас отпускаются грехи кающимся? Нет но кающийся должен помучить свою душу, смириться во всяком деле своем и перенести многие и различные скорби, и когда перенесет все, что ему назначено, тогда, конечно, Тот, Который все сотворил и утвердил, подвигнется к нему Своей милостью и даст спасительное врачевство, и то уже тогда, когда увидит, что сердце кающегося чисто от всякого злого дела» (Simil. VII, 4—5). Время мирского наслаждения и обольщения очень кратко, а время наказания и мучения очень велико: один час удовольствия требует тридцать дней покаяния, а день наслаждения искупается целым годом мучений (Simil. VI, 4). Руководящая мысль у Ермы та, что человек, совершающий покаяние, освежает в себе умирающую жизнь, как засохшие ветви ивы оживляются водой.

В тесной связи с учением о покаянии у Ермы состоит учение о Церкви. Церковь покоится на Христе, древнем камне с новой дверью (Simil. IX, 2.2; cf. 12.2—3), т. е. на сущем от вечности Сыне Божием, Который, явившись в последние дни, сделался новой дверью для того, чтобы желающие спастись через нее вошли в Царство Божие. Она устроена на водах крещения (Vis. III, 3.5; Simil. IX, 16.2) и распространяется проповедью о Христе (Simil. VIII, 3.2). Церковь — град Божий со своими собственными законами (Simil. I, 1.3—9). Не все, получившие ветви от великого ивового дерева, или слово о Христе, сохраняют их [(Simil. VIII)], и не все, вошедшие в башню, останутся в ней при испытании Христом (Simil. IX, 6). Таким образом, между существом Церкви и ее явлением в мире обнаруживается противоположность. Задача проповеди Ермы заключается в очищении Церкви (Simil. EX, 18.3). В строении Церкви наступил перерыв, чтобы грешники очистились и могли быть снова положены в башню (Simil. IX, 7.4; X, 4.4). К покаянию необходимо обращаться возможно скорее, так как строение башни скоро будет завершено, а вместе с тем наступит и кончина мира (Vis. III, 8.9; Simil. IX, 9.4; 26.6; X, 4.4). Покаяние должно уничтожить противоположность между существом Церкви и ее обнаружением в мире: «Когда Церковь очистится и будут изринуты из нее злые, лицемеры, богохульники, двоедушные и все делающие различные виды неправды, она будет одно тело, один разум, один дух, одна вера и одна любовь, и тогда Сын Божий будет торжествовать между ними и радоваться, приняв Свой народ чистым» (Simil. IX, 18.4). Ерма не скрывает от себя, что это состояние на земле никогда не будет достигнуто. «Как зимой все деревья с отпавшими листьями похожи друг на друга и не видно, которые из них действительно засохли и которые свежи, так в настоящем веке нельзя распознать праведных и грешников, но все похожи одни на других» (Simil. III, 3). Только грядущий век сделает различие очевидным (Simil. IV, 1—2).