Советом Санкт-Петербургской духовной академии Н. И. Сагарда был удостоен степени магистра богословия и 28 июля 1904 г. утвержден в ней указом Св. Синода.

В период трудовой деятельности в Полтаве Николай Иванович неоднократно пытался сменить как место жительства, так и место работы. Мотивом для этого было стремление посвятить себя в полной мере науке. В письме к Н. Н. Глу- боковскому он пишет: «... я всей душой рвусь из Полтавы туда, где можно было бы отдаться научной работе, и труда не боюсь. Потерявши с окончанием диссертации уголок, в котором отдыхал душой от житейских дрязг, я до сих пор не могу ни на чем остановиться, и мятусь, и мучусь...». Глубоковский по мере возможности пытался помочь Сагарде, и по его протекции Николаю Ивановичу предлагают кафедру гражданской истории, но от занятия ее он отказывается «ввиду материальной обстановки, в которой я должен буду очутиться». Он пытается устроиться на работу в Московскую семинарию или в любое другое учреждение, подведомственное Св. Синоду, в Москве или Санкт-Петербурге. Однако настоящей мечтой ученого было желание получить место на академической кафедре, которая открывала путь как к материальной независимости, так и к масштабной научной работе, что в перспективе значило бы «...добиться высшей богословской степени».

Вскоре он был избран доцентом кафедры патрологии Санкт-Петербург- ской духовной академии, а с 10 декабря 1905 г. сверхштатным экстраординарным профессором этой же кафедры.

В ноябре 1907 г. в Академии прошли чествования, приуроченные к 1500-летию со дня кончины великого Святителя Иоанна Златоуста. На торжественном собрании Академии, куда были приглашены члены Св. Синода, представители столичного духовенства, почетные члены Академии и др., Николай Иванович выступил с речью «Учение св. Иоанна Златоуста о Церкви», посвященной этой знаменательной дате.

В 1908 г. за выслугу лет Н. И. Сагарда указом Правительствующего Сената по департаменту Герольдии был произведен в статские советники. 1 сентября 1909 г. решением Совета академии он утвержден в звании штатного экстраординарного профессора. В 1910 г. Николая Ивановича ввели в состав учрежденной Св. Синодом комиссии при Синодальном Учебном Комитете по пересмотру программ преподавания церковной истории в духовных семинариях и училищах.