Машинопись полностью авторизована, причем автор вносил в нее исправления несколько раз и в разное время. Всего можно выделить четыре «слоя» исправлений, в зависимости от того, кем, когда и как они были сделаны.

Первый слой — это правки, внесенные еще до литографирования в машинописи-оригиналы студентами, осуществлявшими издание. Большей частью они касаются исправления явных опечаток, вставки недостающих букв или слов и т. п.

Следующий слой — наиболее важный — это правки, внесенные самим автором в настоящий экземпляр машинописи (но только в две литографии — первую и третью) черными чернилами. За исключением также исправления явных опечаток, характер значительной части этого рода правок оказывается довольно разнообразным. Мы перечислим основные типы этих исправлений, не претендуя на полноту и подробность в их классификации.

Во-первых, сравнительно часто встречаются стилистические улучшения: добавления, исключения, замены отдельных слов или выражений, перестановки слов в предложениях и т. п. Во-вторых, также нередки правки, близкие к предыдущим, но затрагивающие излагаемую автором мысль: расширяющие дополнительными фразами, подающими ее в несколько ином освещении, с другим акцентом, смягчающие некоторые утверждения, которые сформулированы слишком категорично или так, что могут быть поняты неправильно (например, фраза «фригийское имя Папий» заменена на «имя Папий, довольно обычное во Фригии» — поскольку очевидно, что это имя не было исключительной принадлежностью указанной области). Исправления подобного рода иногда носят концептуальный характер, показывая не только уточнение приводимых сведений, но и определенную эволюцию мысли автора. В-третьих, автор дополнял материал новыми сведениями (например, указание на издание в 1910 г. «второго» коптского перевода Послания св. Климента Римского к коринфянам; указание на «целый ряд фрагментов» «Пастыря» в дополнение к трем основным рукописям этого произведения, и т. д.). Наконец, в-четвертых, автор во многих случаях заменял греческие и латинские цитаты, а также названия произведений их русскими переводами (вычеркивая текст).