В начале 30-х гг. снова возник вопрос об административном подчинении монастырских библиотек. 25 марта 1931 г. вышло распоряжение Сектора науки НКО о передаче Лаврской и Флавиановской библиотек Всеукраинскому музейному городку. Николая Ивановича, прекрасно знавшего эти фонды, снова направляют представителем библиотеки. Ознакомившись с состоянием дел, он пишет докладную записку дирекции ВБУ, в которой излагает свою точку зрения на процесс передачи. Определив, что именно относится к Флавиановской библиотеке и тщательно просмотрев ее каталог, он составляет список книг, которые необходимо вернуть ВБУ. В основном это были издания, отсутствующие в фондах ВБУ, а также имевшие ценность для научно-исследовательской работы читателей и сотрудников библиотеки. К сожалению, во время войны Флавиа- новская библиотека была вывезена немцами из Киева.

В 1931 г. прокатилась новая волна обвинений сотрудников библиотеки в идеализме, нацдемеевщине, эклектизме. Толчком для бессмысленных обвинений настоящих ученых и основателей библиотечного дела на Украине было критическое выступление К. А. Довганя в июне того же года на библиографическом совещании, в котором он предложил классово-методологическую схему изучения социальной функции книг с позиции марксизма-ленинизма. Николая Ивановича это выступление поразило. Он не считал полемические высказывания докладчика, граничащие с искажением исторических фактов, научно обоснованной критикой. На протяжении 1932 г. на специальных открытых пленумах НИКБ были заслушаны «самокритичные» выступления ведущих специалистов библиотеки. 4 февраля 1932 г. на.заседании пленума в присутствии 35 сотрудников библиотеки с докладом «Прошлая работа ВБУ над проблемой украинского библиографического репертуара. Критический и самокритичный анализ» выступил Н. И. Сагарда. Свой доклад он построил не по общепринятому трафарету, в котором решительно осуждал бы все свои предыдущие «ошибки», а как научную полемику с К. А. Довганем. Ученый не захотел поступиться своими принципами, как и перекладывать «собственную вину» на других. В прениях он решительно отстаивал свои взгляды, оставаясь на позициях «старой школы», считая «ефремовскую академию наук» координирующим органом библиографической работы на Украине, употребляя термин «национальная библиотека» относительно ВБУ и призывая возобновить работу над У Б Р.