Политические процессы и преследования не обошли стороной и Николая Ивановича. Чистки в Академии носили пагубные последствия также для ВБУ. В конце 1928 г; для проверки деятельности ВБУ была сформирована комиссия НКО, выводы которой привели к кадровым увольнениям, перемещениям и травле ведущих специалистов библиотеки. Было предложено освободить от научной и руководящей работы целый ряд сотрудников библиотеки, среди которых был и Н. И. Сагарда. Основанием для его увольнения стало происхождение из семьи «служителя религиозного культа» и степень доктора церковной истории. Как было указано в протоколе комиссии по обследованию деятельности библиотеки, «профессор духовной академии Н. И. Сагарда идеологически чуждый элемент и не может занимать руководящие должности в научном учреждении. К работе, которую сейчас ведет, никакого отношения со своим образованием не имеет и со своими знаниями в ВБУ быть использован не может». Это было написано о человеке, который девять лет своей жизни посвятил библиотечному делу, специалисте, который напечатал за время пребывания в ВБУ целый ряд научно-значимых работ!

Согласно постановлению комиссии НКО Николай Иванович Сагарда был освобожден от должности заведующего отделом и отстранен от руководящей и научно-педагогической работы в НИИБ. До решения вопроса по делу проверки работы ВБУ он был временно переведен на должность библиотекаря-спе- циалиста в отдел обработки. 6 августа 1930 г. состоялось итоговое заседание комиссии по чистке аппарата ВУАН, на котором рассматривались дела сотрудников Академии. Среди них было дело Н. И. Сагарды. После его рассмотрения Николая Ивановича сняли с работы в ВУАН, запретив занимать научные и ответственные должности во всех структурах советского, кооперативного и общественного аппарата. Однако, несмотря на несправедливые обвинения, ученый продолжает добросовестно выполнять свою работу. Вместе с сотрудниками отдела периодики он по-прежнему осуществляет проект по объединению и приведению в порядок фонда периодических изданий, принимает участие в работе над подготовкой к печати сводного каталога иностранных периодических изданий в библиотеках г. Киева. Владея иностранными языками, Н. И. Сагарда проводит окончательную сверку и корректуру подготовленного материала, а также готовит к нему указатели: алфавитный и издательств. Им составлены «Каталог изданий Всеукраинской АН за 1930 г.», «Систематический каталог изданий ВУАН за 1931 г.», «Каталог антикварной книжки».