Не меньшее внимание Н. И. Сагарда уделял фондам монастырских библиотек. В 1921 г. библиотечные фонды некоторых монастырей были переданы под административное управление Академии наук. Во второй половине 20-х гг. начался процесс централизации старых библиотечных фондов в больших книгохранилищах. Поэтому в 1925 г., согласно решению ВУАН, библиотеки Выдубицкого, Никольского, Михайловского монастырей, Софийского собора, Киево-Печерской лавры и Флавиановская переходили в непосредственное распоряжение ВБУ. Н. И. Сагарду назначают представителем от библиотеки в деле передачи монастырских библиотек ВБУ, и до 1927 г. он выполняет обязанности заведующего фондами, которые разместились на территории Киево- Печерской лавры.

Начавшееся в стране во второй половине 20-х гг. масштабное укрепление советско-партийной власти во всех сферах общественной, научной, культурной жизни негативно отразилось и на работе ВУАН, оказавшейся в центре политических процессов. Начиная с 1928 г. проходит ряд проверок деятельности Академии наук специальными комиссиями Народного Комиссариата образования (НКО), которые выдвинули ее руководству обвинения в «буржуазном национализме». Давление на ВУАН достигло пика 9 марта 1928 г. В Харькове состоялось расширенное заседание коллегии Наркомобразования УССР по итогам проверки комиссии НКО деятельности ВУАН. Одним из пунктов повестки дня был вопрос об утверждении академиков ВУАН. Именно на этом заседании Ф. И. Мищенко был исключен из состава академиков как бывший профессор духовной академии. 31 января 1929 г. Ф. И. Мищенко написал заявление об увольнении из Академии наук. Историко-филологический отдел ВУАН временно назначил на должность председателя Византологической комиссии академика А. Е. Крымского. 5 февраля 1929 г. на очередном заседании комиссии обсуждался вопрос об избрании нового председателя. Рассматривалось две кандидатуры: Н. И. Сагарды и П. П. Кудрявцева. В результате голосования был избран Кудрявцев. Комиссия провела несколько заседаний во главе с новым председателем, но в 1930 г. была реорганизована в Комиссию востоковедения.